Suite au combat l'opposant au redoutable Kimblee, Edward Elric est porté disparu dans les entrailles des mines du Nord. Son frère Alphonse a, quant à lui, de plus en plus de mal à maintenir le lien raccrochant son âme à l'armure qui lui sert de corps. Il rejoint le docteur Marcoh et l'aide à décripter les recherches du frère de Scar. Trahie par celui qu'elle pensait être son allié, la garde rapprochée du docteur Marcoh est attaquée par Envy. Un combat à l'issue surprenante s'annonce contre le terrible homonculus.