Au port de Macao, Edward Kenway conclut le premier contrat de transport maritime de l'Union Zhang Wei, sa compagnie marchande. En parallèle, on lui propose un contrat : il doit tuer Saito Shimazu, cheffe d'un des groupes de shinobi du clan Shimazu. C'est l'occasion pour le pirate de récupérer le carnet de bord que celle-ci lui a volé pour le compte de maître Sun lors de leur dernier face à face. Un combat épique à l'issue incertaine se prépare entre les deux ennemis !