Alors que le gouvernement cherche à faire du J-ctOS de Blume Japan un système de gestion d'infrastructure national, l'ombre de la pègre japonaise s'infiltre dans les négociations, manoeuvrant pour en tirer profit. Gôda, un policier lui aussi très méfiant du J-ctOS, s'allie aux hacktivistes Dedsec pour tenter de récupérer des données susceptibles de prouver la collusion entre Blume et les yakuzas. Ces derniers mandatent un dénommé Yamanoi, un "consultant externe" afin de contrecarrer leurs plans…

Watch Dogs Tokyo est le tout premier manga inspiré de la populaire franchise de jeu vidéo Watch Dogsd'Ubisoft (Assassin's Creed, Far Cry, The Division…) !