Pour faire face aux menaces terroristes, une unité spéciale d’agents secrets dotés du permis de tuer a été créée. Cette unité, le groupe « Sakura », réunit de jeunes gens répartis en binômes à qui son confiées les missions les plus délicates. En cas d’échec, seul le coéquipier peut venir sauver l’autre, être son messie. Eiri, Haku, Sôma et Shûsuke font partie de l’unité Sakura. D’apparence juvénile, Eiri a été choisi pour infiltrer un lycée, l'école Seiei Gakuen et assurer discrètement la protection d’un élève, Fumikazu Shimada, petit frère du terroriste le plus recherché : Tomokazu Shimada…