Misaki nage en plein bonheur. Elle se lance à corps perdu dans l'Angelic Layer, cet univers de combat par marionnettes interposées. Tous les combattants, que l'on suurnomme aussi \"anges\", sont fabriqués et entrainés par leurs créateurs. Misaki et son ange Lumina participent, comme par défi, à un tournoi officiel, et perdent leur premier combat contre une concurrente très expérimentée, Hatoko Kobayashi, et son ange Suzuka vif-argent. Misaki ne peut plus perdre un autre combat sous peine d'être éliminée du tournoi. C'est alors qu'apparaît un adversaire qui semble être encore plus redoutable…