Un garçon… une fille… une épée… 300 ans les séparent… le combat va les rapprocher ! Mana découvre le monde moderne à travers la télévision et tente de faire la part des choses entre la réalité et la fiction. Pendant ce temps, Harumi essaye de mener une vie normale de lycéen, mais ce n’est pas si facile avec toutes ces personnes qui recherchent Mana. Les choses se compliquent encore quand Harumi conduit Mana dans le secteur interdit de Tokyo et qu’ils se retrouvent pris dans un affrontement entre les Tokugawa et leurs adversaires. Harumi n’a alors plus d’autre choix que de faire appel à l’étrange lien qui le lie à Mana et au sabre qu’elle renferme dans son corps.