La ville de Morio est dévastée par le séisme de la côte Pacifique du Japon. À la suite de cette catastrophe, d'étranges édifices appelés « murs qui voient » font leur apparition. Yasuho, une étudiante, va trouver un jeune homme nu, coiffé d'un béret de marin, dans les décombres. Il ne se souvient de rien. Ils vont alors partir dans une quête à la recherche de son véritable nom…