Le médecin des temps modernes Jin Minakata s’est retrouvé transporté dans le temps à la fin de la période shogunale. Au contact des nombreuses personnes dont il y fera la connaissance, Jin se résout finalement à vivre dans cette époque. Alors qu’il commence à exercer dans le nouveau centre de soin qu’il vient de créer pour réaliser une fusion entre les médecines occidentales et asiatiques, Nokazé, la plus célèbre courtisane de Yoshiwara qui s’est secrètement éprise de Jin, présente les signes avant-coureurs d’une affection pathologique.