Par le plus grand des hasards, Miku et son groupe font la rencontre de Nao Shirasaki. Pour tenter de localiser Akira, ils devront tout d’abord réussir à sortir de Shinjuku où un nombre incalculable de monstres grouille. De son côté, l’armée fait usage d’un arsenal de plus en plus puissant, jusqu’à arriver au point de ne plus avoir d’autre choix que d’utiliser une arme secrète de dernier recours...