Subaru Natsuki a fini par vaincre l'évêque de la Paresse et retrouver Emilia. Tous deux se réconcilient enfin après des adieux douloureux, mais il ne s'agissait là que d'un prélude aux épreuves à venir. En effet, la moitié des habitants ayant fui Alam n'est toujours pas revenue, plongeant le village dans l'inquiétude. De même, Roswaal et Ram ne donnent aucun signe de vie, ce qui pousse Subaru, Emilia et Otto à se rendre vers un lieu mystérieux : le Sanctuaire. Ils y découvrent des habitants divisés, le marquis et son sourire inchangé, ainsi qu'une sorcière esseulée sur une prairie onirique.