La vie de notre jeune héros va basculer le jour où une nouvelle loi oblige chaque enfant de 12 ans à accomplir son VIPDB , « voyage initiatique pour devenir dresseur Bakamon ». Il est donc tenu de choisir un bakamon dans le laboratoire le plus proche et démarrer sa carrière de sans domicile fixe pour partir à l’aventure, afin « d’entuber » un maximum de Bakamon. Son périple s’annonce riche en découvertes et combats épiques. Malheureusement, notre héros déteste les Bakamon !