Sur le chemin qui le mène à Shishio, Kenshin est suivi par Misao, une jeune fille persuadée qu’il sait où se trouve Aoshi Shinomori, qu’elle veut revoir coûte que coûte. Incapable de la semer, le vagabond accepte de la garder à ses côtés. Finalement, Kenshin se retrouve face à Shishio. Celui-ci lui expose son plan : profiter de la faiblesse du gouvernement corrompu pour le renverser et instaurer, par la force, une ère de paix. Face au refus de Kenshin, Shishio lui oppose alors son fidèle second : Sojiro, un guerrier sans aucun esprit combattif mais à la vélocité prodigieuse. Pour la première fois, Kenshin échoue et son sabre vole en éclats…