La Nerv a été décimée par la Seele et seuls quelques membres ont survécu au massacre. Alors qu'Asuka affronte, débordée, les 9 Eva Series, Gendo entraîne Rei dans les profondeurs afin de lui faire rencontrer Lilith… Quant à Shinji, il retrouve le courage suffisant pour voler au secours d'Asuka. Mais cela suffira-t-il ? L'heure du Troisième Impact a sonné et, alors que le Plan de Complémentarité de l'Homme se met enfin en marche, Shinji se retrouve malgré lui à en être l'instrument final.