Le jour de la rentrée des classes de Rinko et Hinako, une explosion retentit dans le bâtiment du lycée de l’établissement ! Kuroko arrive immédiatement sur place et informe toutes les élèves des exigences du présumé criminel. Minako Suô vient alors se rendre à Kuroko, qui tombe sous le charme de la lycéenne visiblement surdouée dans la fabrication de bombes. Néanmoins, il semblerait que cette apprentie terroriste ne soit pas la seule à l’origine des menaces qui pèsent sur l’école…