Lors de chaque boucle au Sanctuaire, Subaru vit des évènements différents de ceux dont il se souvient. Désormais parvenu à quatrième tentative, il finit par rencontrer la sorcière maudite, la sorcière de l'Envie. En voyant le hameau se faire engloutir par les ombres, Garfiel aide le garçon, alors qu'il est censé être son ennemi. Peu à peu, le jeune homme découvre les secrets du Sanctuaire, ce mystérieux "atelier de recherches".