Dans le prolongement de Rozen Maiden, l’histoire commence avec notre héro, Jun, plus âgé, qui est devenu étudiant universitaire. Parallèlement à ses études, le jeune homme travaille dans une librairie dans laquelle il trouve un exemplaire du premier numéro du magazine « comment confectionner une poupée » offrant en plus une clef à remontage.
À peine rentré chez lui, il commence à recevoir par la poste d’autres exemplaires du même magazine. Chaque numéro contient en cadeau une nouvelle partie du corps d’une poupée à monter soi-même. Un jour, après avoir mis beaucoup d’efforts dans l’assemblage de la cinquième poupée, Rozen Maiden Shinku, il reçoit une lettre lui indiquant que la publication de son magazine est interrompue, le laissant avec une poupée incomplète. Soudain, il reçoit un texto provenant de son ancien numéro de téléphone. Cette personne prétend être Jun lui-même demandant de l’aide contre la septième poupée, Rozen Maiden Kirakisho…