L'opération de Shishio devant lui permettre de conquérir le Japon a débuté ! Son armée tente d'incendier la ville de Kyoto tandis que les membres des “dix sabres” ont pour mission d'assassiner les grandes personnalités du gouvernement Meiji. Cependant, l'oniwabanshu de Kyoto fait obstacle à leur plan. Quant à Kenshin, il s'est lui-même rendu sur place dans le but de s'opposer à ce projet d'incendie. Son expérience d'ex-assassin lui permet de deviner que l’objectif de Shishio est bien plus ambitieux : il veut ni plus ni moins que bombarder la ville de Tokyo pour renverser le gouvernement Meiji !