Une mystérieuse créature géante appelée Tensho, vole dans la stratosphère supérieure. On ignore d’où elle vient et ce qu’elle veut. Shinobi est une jeune fille choisie pour embarquer à bord d’un avion militaire affrété pour détruire cette « chose ». Mais Shinobi n'est pas une jeune fille comme les autres. Comme quelques rares enfants dans le monde, elle possède un pouvoir unique lui permettant de rendre et de se rendre invisible. Seul son mystérieux coéquipier est capable de la voir lorsqu’elle utilise son pouvoir…