Dans le volume précédent, l'unité Keroro a profité du voyage scolaire de Natsumi pour se rendre à Kyoto, sans savoir que cette ville était le repaire des Tairens, un clan de ninjas désertreurs qui appartenaient autrefois à l'organisation secrète des ninjas. Ces derniers ont kidnappé Natsumi, mais heureusement, Keroro et son unité sont arrivés à la rescousse et ont pu la sauver à temps !! De retour dans la paisible maison des Hinata, quel sera maintenant le prochain défi de Keroro ?