Après l'attaque de la Fédération sur Palaos pour récupérer l'Unicorn détenu par Neo Zeon, la colonie est détruite. Banagher et Marida Cruz, une pilote modifiée de Neo Zeon, sont capturés. Banagher reçoit l'ordre de conduire l'Unicorn aux coordonnées d'un ancien programme capable de briser un sceau, mais une attaque ennemie éclate. La légendaire Comète Rouge arrive en renfort. Pendant ce temps, Audrey et Riddie Marcenas atteignent la Terre, espérant convaincre Ronan Marcenas, sénateur influent, de négocier la paix…