Voué à quitter la Terre pour coloniser l'espace, l'homme a fini par accomplir son rêve, et a construit de gigantesques colonies flottant dans le vide interstellaire. Ces cylindres de plusieurs kilomètres, recréant artificiellement en leur sein les conditions de vie terrestre, sont ainsi devenus la deuxième patrie des colons qui y vivent. L'histoire bascule le jour où, décidé à devenir indépendant, le duché de Zeon – la colonie la plus éloignée de la Terre – déclare la guerre aux forces fédérales terriennes. En un mois, la moitié des combattants de chaque camp trouve la mort, et laisse dans le désarroi les populations civiles. Zeon et les forces terriennes se surveillent mutuellement pour découvrir quels nouveaux types de Mobile Suit sont développés en secret. Pour mettre la main sur certains prototypes particulièrement puissants, tous les coups sont permis…