La Team Phoenix a réussi à secourir le fameux patient Alpha qui n'est autre que le légendaire robot Astro, et Fire réussit à sortir Astro du profond coma dans lequel il était plongé. Mais toute l'équipe et Astro se retrouvent coincés à la surface de la Zone Hermétique. Leur prodigieuse navette spatiale, le Phoenix, a été gravement endommagé par Blue Knight, et se dresse en face d'eux le redoutable Atlas fou de rage. Sharaku tente de son côté de réparer le Phoenix, mais dans le chaos qui règne désormais dans la navette, il perd le sparadrap qu'il avait sur le front. Un troisième œil apparaît sur son front et Sharaku se transforme en un être maléfique doté de redoutables pouvoirs télékinétiques. Alors qu'à la surface, les membres de la Team Phoenix sont aux prises avec Atlas et ses généraux, Sharaku lance la transformation du Phoenix, transformation qui ne semble pas connaître de limites…