Japon 1923, durant l’ère Taishô, un virus transforme les humains en vampires. Quatre hommes atteints par ce virus intègrent une unité spéciale de l’armée, le « Code Zero », ils sont chargés de « neutraliser » les personnes elles-mêmes contaminées, mais incapables de se contrôler. Aoi Shirase, journaliste d’un quotidien local, enquête sur des meurtres glauques qui surviennent quelquefois la nuit à Tôkyô, ternissant l’image d’une ville sûre et moderne. Au fil de ses recherches, elle découvre l’existence du virus et de ces agents travaillant pour le gouvernement. Un lien va se nouer entre la journaliste et ces vampires, d’autant qu’elle en connait un des membres : Shûtarô Kurusu, déclaré mort pendant la guerre russo-japonaise du début du siècle.