Rescapé de Tsushima, le jeune Gen est l'objet de toutes les convoitises. Tandis que le commandant Kusagae implore son aide pour venger ses camarades sacrifiés, Rin Samura souhaite l'intégrer, de gré ou de force, au projet Gigantis. Mais le garçon n'a qu'une obsession : arracher sa sœur à l'enfer. Hélas, tous semblent oublier le plus grave… jusque-là miraculeusement protégé de la menace IAS, le Japon est sur le point de basculer dans le chaos !