Gen, un lycéen, vit paisiblement avec sa famille sur l'île de Tsushima, au large du Japon. Lorsque de terrifiantes créatures mutantes apparaissent et déciment la population, il se cache avec sa sœur. Abandonnés par le gouvernement et terrés dans des bunkers, rescapés sont isolés du reste du monde. Ceux qui ont échappé aux griffes des mutants portent désormais en eux l'alien qui a mis l'humanité à genoux... mais aussi la solution pour reconquérir leur propre planète !